Tramite Paypal® i sistemi di pagamento con carta di credito avvengono in modalità sicura (SSL), con crittografia a 128 bit e certificato emesso dalla Equifax Secure Certificate Authority eliminando così ogni rischio: i dati sensibili della carta di credito vengono infatti depositati (mediante trasmissione crypt in SSL) direttamente sul server dei Circuiti Internazionali gestori delle carte, che di fatto garantiscono la sicurezza della transazione online. In questo modo l'acquirente ha la certezza che nessuno potrà venire a conoscenza dei suoi dati sensibili, mentre il venditore potrà subito contare sull'avvenuto pagamento.
Paypal® consente quindi di effettuare transazioni sicure senza che l'acquirente debba dotarsi di alcun certificato di autenticazione o scaricare sul proprio computer un Plug-in o ActiveX.